Tomoya Okazaki est en troisième année de lycée dans une petite ville du Japon. Arrivant toujours en retard en cours, il est considéré comme un cancre par ses camarades de classe qui eux, préparent leurs examens. Il a donc peu d'amis.

Tomoya se considère lui-même ainsi jusqu'à ce qu'il rencontre une jeune fille nommée Nagisa Furukawa qui elle aussi est seule et sans amis, les siens ayant tous eu leur diplôme.

Tomoya la considère d'abord comme une fille maladroite, mais ne pouvant la laisser seule, il se décide à l'aider, ce qui va lui faire rencontrer d'autres filles et l'aider à ouvrir son cœur...